Գլխավոր դատախազի պաշտոնում իր ոչ երկար պաշտոնավարման ընթացքում Աննա Վարդապետյանն արդեն իսկ հասցրել է բախումներ ունենալ ոչ միայն դատախազությունում, այլև իրավապահ մարմինների ղեկավար կազմերի հետ, և սրա արմատը թաքնված է Աննա Վարդապետյանի` Նիկոլ Փաշինյանի օգնականի պաշտոնում ծավալային գործունեության հետ։
