Հայտնի է, որ ֆերմենտները մանր աղիքում քայքայում են սնունդը, որպեսզի այն ներծծվի հաստ աղիքի պատերով։ Աղիքային միկրոբիոտայի վերլուծությունների մեծ մասը կենտրոնանում է հաստ աղիքից հետո վերցված նմուշների վրա: Արդյունքում, մետաբոլիտների մեծ մասը մնում է բարակ աղիքում, և անալիզը կարող է ամբողջական պատկերացում չտալ:
