1938 թվականի ապրիլի 6-ին Խորհրդային պետանվտանգության գաղտնի գործակալները Վեհարանում, իր բնակարանում, խեղդամահ արեցին Խորեն Ա Կաթողիկոսին։ Սկզբում նրա մարմինը հուղարկավորվել է Սուրբ Գայանե եկեղեցու գավթում, իսկ 1996 թվականի սեպտեմբերին աճյունը տեղափոխվեց Էջմիածնի Մայր տաճարի բակ։ Չնայած այս հալածանքներին, եկեղեցին պահպանեց իր ներքին կենսունակությունը՝ շնորհիվ հավատացյալ ժողովրդի աջակցության։
